Sport Alianza, como se llamó el club en primer lugar, se fundó el 15 de febrero de 1901 en la calle Cotabambas, en el barrio de Chacaritas, por un grupo de jóvenes que utilizaban la caballeriza Alianza para practicar el fútbol. Dicho recinto se ubicaba en el Centro de Lima. La idea era formarun club de futbol que defendiera a la comunidad ante equipos de otros barrios. El día de la fundación se dirigieron a una casa ubicada en la calle Cotabambas que estaba signada con los números 323 y 327, la cual se encontraba en la quinta Los Gallinacitos. El clima interno que existía entre los fundadores hizo que se les conozca con el apodo de los íntimos.
José Carreño, uno de los fundadores y poblador de la calle Cotabambas ofreció su casa como primer local institucional, ofrecimiento que agradó mucho a los demás fundadores ya que hasta ese momento el club no tenía un punto de reunión establecido, por lo que las calles eran sus habituales concentraciones. Los documentos sobre los primeros años de Sport Alianza son escasos, recién a partir de 1920 existen archivos con el nombreAlianza Lima. Más allá de la falta de escritos, se reconoce como fundadores a Eleodoro Cucalón, Augusto Cucalón, Eduardo Pedreschi, Wilfredo Pedreschi, Carlos Pedreschi, Adolfo Pedreschi, Manuel Carvallo, Ismael Carvallo, Guillermo Carvallo, Julio Chacaltana, Manuel Arana, Antonio La Torre, Alberto La Torre, José Carreño, Hipólito Venegas, Eduardo Méndez, Carlos Villarreal, Alberto Palomino, Antonio Palomino, Alberto López, Luis Buitrón, José Paulet, Luis Litardo, Alberto Moncada, Julio Rivero, Cirilo Cárdenas, Faustino Justino Mendoza, entre otros. Actualmente cuenta con más de 2,000 socios registrados oficialmente. Fueron desde niños hasta adolescentes de siete a dieciocho años de edad, siendo ninguno de ellos,paradójicamente, de raza negra, ya que al equipo aliancista se le relacionaría posteriormente con la gente de color.
En el año 1929, Alianza Lima fue castigado a perpetuidad por problemas con la Federación Peruana de Futbol, ya que el vicepresidente de Alianza en ese entonces, Enrique Vergara, le envió una carta informando que los jugadores aliancistas no participarían en la selección debido a que el club se encontraba en «una deplorable situación económica». Ante este hecho, el ente rector decidió suspenderlos.
Debido a ello, en 1929 el equipo victoriano se limitó a pasearse los domingos por distintas haciendas y pueblos aledaños a Lima en busca de partidos informales, bajo el sobrenombre de Los Íntimos. Luego, ya en 1930, se produjo un pacto entre la FPFy Alianza Lima, donde se les levantó el castigo impuesto para que pudieran jugar frente al Atlético Tucuman (equipo que se encontraba invicto en su gira por Lima), con la condición que aportara jugadores el domingo siguiente para la selección peruana, que debía jugar el Sudamericano de Argentina.
